حضرت امام در نامه ای خطاب به سید حسین خمینی نوه ارشد خود و فرزند سید مصطفی خمینی (ره) که متن آن در جلد 14صحیفه نور آمده است، با انتقاد شدید از وی، نوشته اند:

حضرت امام در نامه ای خطاب به سید حسین خمینی نوه ارشد خود و فرزند سید مصطفی خمینی (ره) که متن آن در جلد 14صحیفه نور آمده است، با انتقاد شدید از وی، نوشته اند: «پسرم حسین خمینی! جوانی برای همه خطرهایی دارد که پس از گذشت آنها انسان متوجه می‌شود. من میل دارم کسانی که به من مربوط هستند، در این کوران‌های سیاسی وارد نشوند، من امید دارم که شما با مجاهدت در تحصیل علوم اسلامی و با تعهد به اخلاق اسلامی و مهار کردن نفس اماره بالسوء، برای آتیه مورد استفاده واقع بشوی، من علاوه بر نصیحت پدری پیر، به شما امر شرعی می‌کنم که در این بازی‌های سیاسی وارد نشوی و واجب شرعی است که از این برخوردها احتراز کنی، من به شما امر می‌کنم به حوزه علمیه قم برگرد و با کوشش، به تحصیل علوم اسلامی و انسانی بپرداز.»

سید حسین نیز در آن زمان در حمایت از بنی صدر که او نیز خود را به نحوی مورد تایید امام راحل می دانست، بارها و بارها سخنرانی کرده بود و حمایت خود را از او و اقداماتش بیان کرده بود، و اینک گویی پس از سال ها تاریخ دوباره در حال تکرار شدن است.

در مراسم بیست و یکمین سالگرد ارتحال بنیان گزار کبیر انقلاب امام خمینی (ره) همگان شاهد آن بودند که ملت انقلابی ایران اسلامی مانع از سخنرانی سید حسن خمینی نوه امام (ره) شدند. به واقع دلیل این اقدام مردم انقلابی ایران را باید در مواضع و اقدامات نوه امام خمینی(ره) در حوادث پس از انتخابات دهم ریاست جمهوری جستجو کرد. بازخوانی اقدامات وی در این مدت به وضوح نشان می دهد که او در مسیر فاصله گرفتن از اهداف و آرمان های امام خمینی (ره) گام بر می دارد.

در آستانه انتخابات 88 بود که زمزمه های حمایت سید حسن خمینی از میرحسین موسوی به گوش رسید که هر چه به انتخابات نزدیک‌تر می‌شدیم، این خبر شکل جدی تری به خود می گرفت به طوری که وی با حضور در جلسات اصلاح طلبان در ایام انتخابات، همگام با چهره های دیگر اصلاح طلب وارد میدان شد، البته این امر با توجه به این موضوع که هر کس حق دارد جهت گیری سیاسی خود را آزادانه انتخاب کند، امری عجیب نبود.

این همراهی با طیف اصلاح طلب همچنان ادامه داشت تا اینکه فعالیت اصلاح طلبان در انتخابات به انحراف رفت و از یک رقابت انتخاباتی تبدیل به پیشبرد طرح کودتای مخملین در کشورمان شد. اما باز هم در برخی از جلسات، میان چهره های سرشناس اصلاحات، سید حسن خمینی هم دیده می شد. وی در ادامه ورود خود به درگیری های سیاسی اقداماتی از جمله عدم حضور در مراسم تنفیذ و تحلیف رئیس جمهور و عدم همراهی رئیس جمهور و اعضای کابینه نهم در مراسم تجدید میثاق با آرمان های امام راحل را انجام داد.

 
این رفتار تا آنجا ادامه یافت که در آستانه راهپیمایی روز قدس 88 سایت رویداد با انعکاس خبری به نقل از یک منبع آگاه آورد، سید حسن گفته است: بیت حضرت امام (ره) نیز همگام با دیگر اقشار جامعه روز جمعه در راهپیمایی روز قدس شرکت خواهند کرد تا انزجار خود را از هرگونه خودکامگی و تجاوز به حقوق انسانها نشان دهند. گرچه این روزها برای یاران امام و انقلاب روزهای سختی است اما حضور بیت امام در کنار مردم و یاران صدیق انقلاب همچون هاشمی، خاتمی، موسوی و کروبی پیام روشنی به کسانی است که می خواهند خط امام و تفکر ایشان را از جامعه حذف نمایند.

 
سیدحسن خمینی به این هم اکتفا نکرد. او شامگاه یکشنبه 29 شهریور 88 با حضور در منزل دبیرکل حزب مشارکت از خانواده متهمان کودتای مخملی دلجویی کرد. بد نیست سید حسن خمینی از خود می پرسید که اگر در سالهای دهه 60 فردی از منتسبین به امام راحل به منزل سران جریان معاند با نظام می رفت و در دیدار با خانواده های نیروهای برانداز نظیر عاملین کودتای نوژه، بازداشت شدگان سازمان منافقین، حزب توده و فدائیان خلق، از آنان دلجویی می نمود، امام خمینی(ره) چه برخوردی با وی می نمود که امروز اخبار حضور سیدحسن خمینی را در منازل متهمان کودتای مخملی باید جست و جو کنیم.

وی در 16 آذر ماه و در پی اهانت گروهی از منتسبین به جریان سبز به ساحت معمار کبیر انقلاب، رفتاری در خور از خود نشان نداد. کار تا آنجا پیش رفت که اعضای انجمن اسلامی هفت دانشگاه کشور در نامه سرگشاده مشترکی خطاب به سید حسن خمینی از وی به خاطر سکوت در برابر هتک حتک حرمت امام راحل انتقاد کردند.

در گوشه ای از این نامه می خوانیم: «با خبر شدیم که شما در روز جمعه (16 آذر) و در حالی که مردم ایران از توهین عده‌ای اغتشاشگرِ فرصت‌طلبِ فتنه‌گر به ساحت مقدس امام خمینی(ره) خون می‌گریند،‌ از کشور خارج شده و به سفر خارجی رفته‌اید، حداقل انتظار از جنابعالی این بود که به موضع‌گیری در این باره پرداخته و برای یکبار هم که شده برای آخرت‌تان و برای ادای دین‌تان به امام راحل که همه شأنیت و آبروی شما و ما به واسطه ایشان است، فتنه‌گران و قانون‌شکنان را محکوم می‌کردید اما در کمال تعجب شنیدیم که جنابعالی در حرکتی غیرقابل انتظار، از کشور خارج شده‌اید. حضرتعالی نباید فراموش کنید که مردم شما را یادگاری از بیت حضرت امام دانسته و همواره مورد احترام می‌دانند، اما ای یادگار امام! شما را چه شده است که در مقابل توهین و زیرسوال بردن آرمان‌ها و اصول به یادگار مانده از امام(ره)، هیچ واکنشی نشان نمی‌دهید؟»

او اهانت به ساحت مقدس و مظلوم حضرت ابی‌عبدا... الحسین (ع) را نیز محکوم نکرد و باز هم حاضر به جدا نمودن راه خود از 
فتنه گران نشد. اقدام اخیر وی و حضور در جلسه‌ سران فتنه‌ (31 اردیبهشت1389) که به بهانه مراسم ازدواج فرزند محسن میردامادی دبیرکل حزب مشارکت تشکیل شده بود به آتش خشم و نارضایتی فرزندان معنوی امام بیش از پیش دامن زد و عزم آنان را برای بیان صریح نظراتشان جزم‌تر کرد.

افسوس از اقدامات سید حسن وقتی دو چندان می شود که پدر بزرگوارش سید احمد خمینی (ره) در بخش هایی از وصیت نامه اش خطاب به سید حسن عنوان کرده بود: «به حسن و برادرانش این توصیه را می نمایم که همیشه سعی کنند در خط رهبری حرکت کنند و از آن منحرف نشوند که خیر دنیا و آخرت در آن است و بدانند که ایشان موفقیت اسلام و نظام و کشور را می خواهند. هرگز گرفتار 
تحلیل های گوناگون نشوید که دشمن در کمین است... امروز باید در کنار نظاممان پشت سر رهبری قرار بگیریم. رهبر ما شاگرد امام است. هیچکس حق شکستن حریم رهبری را ندارد. حرمت رهبری نظام اسلامی، از اصول خدشه ناپذیر انقلاب اسلامی ماست. همه باید به دستورات رهبری عمل کنند. اگر روزی حرکت ما با حرکت ولی نخواند، بدانید که نقص از ماست. همانطور که نگذاشتید امام احساس تنهایی کند. اطاعت از خامنه ای، اطاعت از امام است. هر کس منکر این معنا شود، مطمئن باشید در خط امام نیست و هر کس بگوید که اطاعت از امام غیر از اطاعت از حضرت آیت الله خامنه ای است در خط آمریکاست.»

هنوز یادمان نرفته است که در اوایل انقلاب و در جریان کودتای نوژه، آیت الله شریعتمداری که در آن زمان به مقام مرجعیت نیز رسیده بود، به طمع کسب قدرت و با فریب دشمنان قسم خورده اسلام و انقلاب چه خیانتی را در حق اسلام و انقلاب انجام داد. دشمنان از این روحانی ساده لوح در جهت مشروعیت بخشی به کودتایی که در اذهان مردم زشت می نمود، استفاده کردند. اینک نیز بیم آن می رود که گروهی برای مشروعیت بخشی به اقدامات ضد انقلابی خود، با نزدیکی به بیت امام راحل از آن ها جهت رسیدن به اهداف خود استفاده کنند. این گمان آن گاه تقویت می شود که خبر های منتشر شده نشان از آن دارد که اصلاح طلبان برای ورود سید حسن خمینی به انتخابات نهم مجلس شورای اسلامی و یازدهم ریاست جمهوری برنامه ریزی کرده اند، تا با سوء استفاده از محبوبیتی که بیت امام در نزد مردم دارند، دوباره به قدرت برسند.